https://www.seoul.co.kr/news/politics/presidential-election-2025/2025/05/05/20250505008003
1987년 1월 8일, 박종운이 후배 박종철의 집에 들러 조직 재건을 위한 연락책 임무를 전달하고 현금 1만 원을 빌린 사실을 파악함. 경찰은 박종철이 박종운의 소재를 안다고 판단했고 1월 14일 남영동 대공분실로 연행한 후 고문하여 박종철을 숨지게 했다
박종운은 2000년대에는 뉴라이트 운동에 참여하기도 했으며 2000년 4월 치러진 제16대 국회의원 선거에서 경기도 부천시 오정구에 한나라당 공천을 받아 출마
박종운은 2020년 김문수 등과 함께 자유통일당을 창당했고, .... 한때 자유시민TV라는 이름의 유튜브 채널을 개설했지만, 댓글 대부분이 박종철과 관련된 과거사로 인해 여론이 매우 좋지 못한 상황이었고 결국 구독자수 1,000명도 모으지 못하고 활동을 접었다.
썰전 253화에서 더불어민주당 우상호 의원은 박종운에 대해 다음과 같이 비판했음.
"민주화 운동가들이 새로운 정치비전으로 당을 택하고 자기생각을 펼치는 것 자체는 변절로 표현하는 것은 너무하다고 생각하는데요, 그렇지만 이제 박종운씨 문제는 저는 그렇게 짚을 문제는 아니고요. 이 분이 당시 (한나라당) 입당을 선택하고 갔을 때 박종철 씨 유가족들이 받은 상처가 너무 깊었어요. 이 분들에게는 같은 편인데, 내 아들을 죽인 사람들과 같은 진영으로 갔다고 생각하는 상처가 있어서 되게 힘들어 하셨어요. 제가 볼 때, 본인 입장에서는 나는 내 정치적 선택의 자유가 있다 그럴 수 있는데... 박종운 씨나 우상호 같은 사람은 선택의 자유가 없어요. 왜냐하면 죽음을 안고 살야야 되기 때문에... 저는 이한열 열사의 가족이 싫어하는 일을 할 수 없어요."